CASA のバグや使い方のヒントなどの情報はどこに載っていますか。

以下、4 つの方法で情報を得ることができます。

1. CASA のサイトに公式の Known Issues ページがあります。
   1. 最新 CASA バージョンの Known Issues
   2. 以前のバージョンの Known Issues
2. CASA Guides に使い方やチュートリアルが載っています。
3. ALMA ヘルプデスクや CASA ヘルプデスクに報告のあったバグ等への対応状況は、 NRAO のページで確認できます (http://casa.nrao.edu/hdtickets)。 ただし、問題の中身が詳細に書かれているわけではありませんので、一般には分かりにくいかもしれません。 ALMA や CASA ヘルプデスクにチケットを提出された方は、状況を確認できます。
   
4. ユーザーが主体となって情報交換を行うフォーラムが存在します (リンクページをご覧ください)。
   

公開されている情報ソースで解決しない場合、ALMA データの解析で生じた問題や疑問については ALMA ヘルプデスクへ、 それ以外のケースは NRAO ヘルプデスクへ問い合わせてください。

CASA をバックグラウンドで実行したり、X ウィンドウを出せない環境で実行したりするには、どうすればいいですか。

--nogui や --nologger オプションを活用してください。詳しくは CASA cookbook を参照してください : "Startup" in CASA cookbook

"Leap second table TAI_UTC seems out-of-date" というエラーが出ます。

Linux OS で以下のようなエラーが出る場合、CASA の geodetic というディレクトリの情報が古いことを示しています。

        SEVERE setjy Leap second table TAI_UTC seems out-of-date.
        SEVERE setjy Until table is updated (see aips++ manager) times and coordinates
        SEVERE setjy derived from UTC could be wrong by 1s or more.
      

Knowledgebase article の "How can I update the data repository copy of my CASA installation ?" を参考に更新してください。(OS X の場合は、CASA 起動時に自動的にアップデートされます。)

[Note] アーカイヴデータをダウンロードから scriptForPI.py を走らせるまでの間に生じる大部分のエラーは、(1) ダウンロードの失敗、(2) 適切なバージョンの CASA を使用していないことに起因します。エラーが生じた場合、(a) ダウンロードスクリプトを再作成してからダウンロードをする、(b) ReadMe に書かれている CASA のバージョンと実際に使っている CASA のバージョンが一致していることを確認するといったことを試してみて下さい。

ダウンロードした生データのキャリブレーションを行いたいです。どの CASA バージョンを使えば良いでしょうか。

こちらをご覧下さい。

ダウンロード終了時に "ERROR downloading 201x.*.tar (wrong password ?)" というエラーメッセージが出ましたが、パスワードは正しく入力しています。何が悪いのでしょうか。

ダウンロードのエラーの原因は、ネットワークの中断等であると考えられます。再度、ダウンロードを試みてください。なお、同じディレクトリでダウンロードを再試行する場合は、途中までしかダウンロードできなかったデータをいったん削除してから、新たにダウンロードを開始してください。

アーカイヴで複数の天体を一度に検索するにはどうすればいいですか。

天体リスト (1 行 1 天体)のテキストファイルを読み込ませて、複数天体の検索ができます。ALMA Science Archive Manual の 3.2 節、あるいは、講習会テキスト(最新版)の 5.4.1 節をご参照ください。
また、Astroquery を用いても可能です。こちらのページの ALMA Science Archive Manual の 4.1 節に簡単な使い方が書かれています。また、記述が古いですが、以前の資料も参考になるかもしれません。

ALMA を使って書かれた論文はどのように検索できますか。

ESO Telescope Bibliograph のサイトが便利です。また、ALMA Science Archive の Publication タブからも検索できます。

firefox で weblog がリンク切れでうまく表示されません。どうすれば良いですか？

firefox を開いて、URL で、"about:config" とタイプし、"危険性を承知の上で使用する"をクリックし、"privacy.file_unique_origin" を検索して探し、False にしてください。詳細はこちら。

アーカイブデータのクエリー結果にいくつものファイルが表示されるのですが、各々のファイルが何かを教えてください。

ALMA アーカイブの検索画面から、ダウンロードしたいデータを選択し、[Explore and download] -> ポップアップで現れる画面上右上で [Explore and download in legacy system] をクリックすると、以下のようなリクエスト・ハンドラーのページが表示されます。
(注: [Explore and download] で立ち上がるのはグラフィカルな新しいバージョンですが、このシステムには不備が多いので、さらに [Explore and download in legacy system] を押すと立ち上がる旧バージョン (下図) の使用をお勧めします。)

• "README" にデータ諸元や観測所が行った品質保証における情報が書かれています (ただし、Cycle 5 以降のものはほとんど情報がなくなっているので、QA2 レポートや weblog を参照)。
• "*_001_of_001.tar" には観測天体や較正天体の FITS 画像が含まれます。
• "*.auxiliary.tar" には本質保証の結果をまとめたレポート (QA2 レポートや weblog、ただし Cycle 7 以前でマニュアル解析されたデータには weblog は含まれない) や品質保証の際に用いた解析スクリプトや中間生成ファイルが含まれます。
• "*.asdm.sdm.tar" は一次処理を施していない生データ (ASDM) が含まれます。
• Cycle 2-4 の一部のデータは、"*_ari_l_001_of_001.tar" を含むことがあります。これは、より最近の ALMA パイプラインを用いて再較正・再像合成が施された "ARI-L" プロダクトを含みます。

より詳細については、アルマデータ解析講習会テキスト 5 章をご参照ください。

観測所が行ったデータ品質保証において、どういった解析手法のパターンがありますか？

品質保証では、データの一次較正を行う "calibration" パートと、像合成を行う "imaging" パートに大別されます。一次較正には、パイプライン較正もしくはマニュアル較正が行われますが、観測モードや観測条件によってどちらが使われるかが異なります。基本的に、マニュアル較正されたデータは像合成もマニュアルで行います。パイプライン較正されたデータは、引き続きパイプラインで像合成されるものもあれば、マニュアルで像合成が行われることもあります。希に、パイプラインで像合成がされたものの、付加的にマニュアル像合成で得た画像が含まれることもあります。

ダウンロードされたデータがパイプライン処理されたものなのかマニュアル処理されたものなのか、どうやって調べたらいいですか？

ダウンロードしたアーカイブパッケージを展開すると出現する script ディレクトリの中に、"*PPR*.xml" や "*pprequest.xml" (* は任意の文字列) というファイルがあれば、パイプライン解析されたデータです。該当するファイルがなければマニュアル解析です。ただし、偏波観測のデータに限っては、パイプラインとマニュアル解析を併用した解析が行われている場合があります（Cycle 9 時点）。なお、Cycle 0 と Cycle 1 に観測されたデータは (Cycle 2 にキャリーオバーされたデータは含まない)、全てマニュアル解析が行われています。

scriptForPI.py を走らせるときに、どの CASA バージョンを使えばいいのでしょうか。

scriptForPI.py は ALMA の品質保証 (Quality Assurance 2) で行われたキャリブレーションを再現するためのスクリプトです。そのため、ALMA 側で使用されたのと同じ CASA バージョンを使ってください。CASA バージョンは、配布パッケージの "README" に記載されています。パイプラインでキャリブレーションされたデータであれば、weblog のトップページにも載っています。CASA バージョンの調べ方についてはこちらのページもご覧ください。
データ・パッケージの構成については ALMA サイエンス・ポータルの Documents & Tools にある "ALMA QA2 Data Products" を見てください (Cycle 3 & 4 についてはこちら、Cycle 5 以降についてはこちら)。

アーカイヴからダウンロードしたデータに対して scriptForPI.py を走らせましたが、エラーになり、途中終了しました。ログを見ると、importasdm の部分でエラーになったようです。

主な原因としては、(1) ダウンロードに問題があり、生データが不完全であるか、(2) 4.3より前の CASA バージョンを Redhat 以外の Linux OS で用いる場合に知られている xml ライブラリの問題が原因であると考えられます。(1) が疑われる場合、ダウンロードを再度試みてください (ダウンロード終了時や tar ファイル解凍時にエラーが出なくても、データが不完全である可能性があります)。(2) の対処法については Knowledgebase article "What should I do if scriptForPI aborts at the importasdm step with error ?" や CASA の Known Issue ページをご覧ください。

パイプラインでキャリブレーションされたデータセットをダウンロードしましたが、質の悪いデータが残っており、自分でフラグを追加してキャリブレーションをやり直したいです。方法を教えてください。

こちらの資料を参考にしてください:

• Tweakling the Pipeline Script
• How to use ALMA Pipeline when you have only raw data

scriptForPI.py を実行したら、存在しないファイルを参照しているというエラーが出ました。

そのエラーは、scriptForFluxCalibration.py (scriptForImagingPrep.py) の実行時に出ているでしょうか (ターミナルに "Executing scriptForFluxCalibration.py (scriptForImagingPrep.py) ..."と表示されているでしょうか)。もしそうであるならば、script フォルダにある scriptForFluxCalibation.py (scriptForImagingPrep.py) というスクリプトにおいて、データ ([uid].ms.split.cal)　のパスが間違っている可能性が高いです。大変お手数ですが、scriptForFluxCalibration.py (scriptForImagingPrep.py) を適当なテキストエディタで開き、その中で指定されている "[uid].ms.split.cal" のパスを "../calibrated/[uid].ms.split.cal"とするか、先頭に何も付けず [uid].ms.split.cal のみとしてください。この scriptForFluxCalibration.py (scriptForImagingPrep.py) は scriptForPI.py の最終段階で自動的に実行されます。scriptForFluxCalibration.py (scriptForImagingPrep.py) の直前の段階で、calibrated ディレクトリに [uid].ms.split.cal という名前のデータが生成されているはずです。calibrated ディレクトリ中で、[uid].ms.split.cal に対して実行されるスクリプトが scriptForFluxCalibration.py (scriptForImagingPrep.py) です。

上記のケースに当てはまらない場合は、ヘルプデスクにご相談ください。

干渉計のデータで scriptForPI.py を実行しました。キャリブレーション済みデータはどれですか。

scriptForPI.py を実行すると、新たに calibrated という名前のディレクトリが script, qa, calibration などと同じ階層に作成されます。キャリブレーション済みのビジビリティ・データは、その calibrated ディレクトリにあります。複数の観測 execution block (EB) から成る場合には、各 EB のキャリブレーション済みデータが [uid].ms.split.cal であり、それらを 1 個の measurement set にまとめたのが "calibrated.ms" です。単一の execution block から成る場合には、"[uid].ms.split.cal" が 1 個存在し、これがキャリブレーション済みデータとなります。詳しくは ALMA サイエンス・ポータルの Documents & Tools にある "ALMA QA2 Data Products" を見てください (Cycle 3 & 4 についてはこちら、Cycle 5 以降についてはこちら)。

なお、measurement set には "data" と "corrected" という2種類のデータ格納領域があります。キャリブレーション済みデータがどちらに入っているかはケース・バイ・ケースです。具体的には、script ディレクトリに scriptForFluxCalibration.py や scriptForImagingPrep.py が存在し、その中で applycal タスクを実行していれば、"corrected" です。それ以外は "data" です。clean や plotms といったタスクは、"corrected" が空の場合は "data" を参照しますので、この違いを意識しなくてもイメージングは可能ですが、ご自身で split タスクなどによりデータを抜き出したり平均化したりする際には、ご注意ください。

scriptForPI.py を実行したらエラーになり、最後に "OSError: [Errno 18] Cross-device link" というメッセージが出ました。

このエラーは、公式にサポートされていない Mac OS と CASA バージョンの組み合わせを用いたときに起きることがあります (例えば、最近の Mac OS 上で、ALMA 側の品質保証 (Quality Assurance 2)　で用いられた古い CASA バージョンを使ってキャリブレーション済みデータを生成する必要があるといった場合です)。回避方法としては、CASAがインストールされているハードディスクと同じディスクにデータを置いて scriptForPI.py を実行してください。なお、ディスク容量が少し足りないといった場合、scriptForPI.py には SPACESAVING オプションがあり、このオプションを指定して中間ファイルを削除することで多少ディスクを節約できます。SPACESAVING オプションの指定方法に関してはアーカイヴ・パッケージに含まれる README ファイルをご覧ください。また、ALMA サイエンス・ポータルの Documents & Tools にある "ALMA QA2 Data Products" の 5.4 節にも詳しい説明が載っています。

Total Power データのキャリブレーションを行いましたが、plotbandpass タスクを使って Tsysをプロットする部分で、Segmentation fault エラーが出てスクリプトが止まってしまいます。

Mac で plotbandpass を用いる場合に起こる問題で、CASA 4.5.0 や一部のパイプラインバージョンで見られています。おそらくこの問題は CASA 4.6 (マニュアル・キャリブレーション) 、4.5.1 pipeline (パイプライン・キャリブレーション) で修正されるのではないかと思われます。回避法としては、plotbandpass 部分をコメントアウトして (plotbandpass で行うはずだった Tsys のプロットは、後から plotms 等で別途ご確認いただくとして) スクリプトを走らせるか、あるいは、Linux でスクリプトを実行してください。

タスク "listobs" で観測情報を抜き出しました。記載されている周波数の座標系は何ですか？

記載されているのは、地表面座標系 (topocentric) での sky frequency です。

ALMA は天体の位置に関してどの座標系を採用していますか。

ICRS です。Cycle 3 より前は、ターゲット天体の座標系がデータ上 ("listobs" 出力やイメージ) で J2000 となっています。ですが実際には位相キャリブレータは ICRS で観測されており、ターゲットの座標も ICRS のものです (J2000 というラベルだけが間違いです)。Cycle 3 からは、ALMA データにおける位置の座標系のラベルはすべて ICRS で統一されています。そのため、Cycle 1/2 と Cycle 3 のイメージを重ねる際には、Cycle 1/2 の座標系のラベルを J2000 から ICRS へ変える必要があります。そのためのスクリプトが Knowledgebase article "How to combine Cycle 1 and/or 2 MeasurementSets and Images with ones from Cycle 3 (J2000 to ICRS relabeling)" に用意されていますので、ご参照ください。

論文で出版されているイメージと、アーカイヴの product ディレクトリにあるイメージが異なるのはなぜですか。

アーカイヴに保存されているイメージは、ALMAの品質保証 (Quality Assurance 2) において、主に感度とビームサイズの確認のために作成されたものです。このイメージが、観測提案者やアーカイヴ・ユーザーが行いたいサイエンスに最適な方法・パラメータで作成されているとは限りません。アーカイヴのイメージをそのまま使用するか、作り直すかは、ユーザーの判断となります。

複数の execution block で観測しました。ラインのイメージングをしようと思いますが、同じラインの spectral window でも、execution block ごとに周波数が異なっています。なぜですか。

ALMA は地表面座標系 (topocentric) を採用していますので、(天体の radial velocity がゼロでない場合) 観測時期によって周波数 (スカイ) が異なります。最新の CASA であれば、タスク mstransform を用いて、これを LSRK や Bary に変換できます。最新でない場合は、タスク cvel を使って変換できます (ただし、cvel タスクは開発がストップしています。詳しくはこちらをご覧下さい。)。
座標系に関しては、以下の Knowledgebase article も参考にしてください。

1. "What are the frequency reference frames in CASA?"
2. "How can I calculate the spectral coverage of my SPWs in different frequency reference frames?"

アーカイヴからダウンロードしたイメージを見ると、ラインの速度情報が明らかにおかしいです。

特に Cycle 0, 1 など初期のアーカイヴ・データに関しては、rest frequency を設定せずに clean でイメージングされていることがあります。その場合、最初の分光計チャネルの周波数が rest frequency だとみなされます。imhead タスクでイメージのヘッダ情報を調べ、目的のラインの周波数が rest frequency として設定されているかを確認してください。もし間違っている場合、ヘッダのキーワードを書き換えるだけでも構いませんが、LSRK への変換といった操作もされていない場合には、tclean でイメージングをやり直すのが安全です。アーカイヴ・パッケージに含まれているイメージング用のスクリプト (scriptForImaging.py やそれに類似した名前) や、CASA Guides/ALMA Guides などを参考にしながらイメージングを行ってください。

tclean タスクにおいて、topocentric frequency から LSRK や Bary への変換が適切に行われていないことが原因である可能性もあります。これは、concat タスクを使って、複数の観測 execution blocks (EBs) を一つの measurement set にまとめ、それを tclean に入力する場合に起こり得ます。ALMA は座標系として topocentric を採用していますので、観測日が異なると、同じ spectral window であっても (天体の radial velocity がゼロでなければ) 若干異なる周波数で観測されます。それら異なる観測日に取得された EBs を concat で足し合わせる際、freqtol パラメータで周波数のマージンを指定すると、周波数が多少ずれていても、同一の spectral window とみなされます。一方、tclean で例えば LSRK に変換してイメージングしたいという場合、tclean は一番早い観測日時のデータを参照して座標系の変換を行います。つまり、もし freqtol で指定したマージンが、欲しい速度分解能の約 1/3～1/5 よりも大きい場合、一部の EBs について、速度変換の精度が許容範囲を超えて悪いということになります。そのため、ライン観測の場合、freqtol の指定はあまりお勧めしません (指定しない場合のデフォルトは 1 Hz)。concat を freqtol なしで実行すると、周波数のずれがあれば、各 EB の spectral window が別々の SPW ID へ格納されます。tclean でイメージングを行う際に、該当するラインを含む SPW ID をすべて、spw パラメータに指定してください。 (concat を使用せず、各 EB のキャリブレーション済みデータを tclean の vis パラメータにカンマで区切って並べても構いません。) 複数の EB を一度に tclean する方法については、こちらの Knowledgebase 記事も参考にしてください。

12-m、7-m アレイと TP を合わせたイメージを作るには、どうすればいいですか。

CASA guides の data combination に関するページを参考にしてください。なお、データのキャリブレーションが CASA の 4.2.2 (パイプライン・キャリブレーションの場合)、4.3 (マニュアル・キャリブレーションの場合) よりも古いバージョンで行われている場合には、data weight に関するページもご確認ください。

タスク feather で以下のようなエラーが出ました。

feather に使用する2個のデータのうち、片方が周波数に依存したビームサイズを持ち (チャネルごとにビームサイズが異なり) 、もう一方が周波数に依存しない単一のビームサイズを持った cube のときに問題が発生することが分かっています。 (tlean において、各周波数チャネルにおける PSF の違いがピクセルサイズの半分以上になる場合、チャネルごとの PSF が採用されます。そこで、タスク imsooth でビームサイズを揃えた cube を feather に入力してください。

例: imsmooth(imagename='deconvolved-sdinput-unmasked.image', kernel='common', outfile='common-beam-sdinput.image')